Le Parc National du Toubkal héberge de nombreuses espèces végétales.
Le premier niveau de végétation est à base de Genévrier Rouge et de Thuya; avec des espèces endémiques comme Polygala balansae: plante arbustive magnifique à fleur d’un beau rouge violacé.
En prenant de l’altitude l’étage du Chêne vert présente des espèces endémiques telles que l’Adenocarpus anagyrifolius à fleur jaune et autres genets comme Genista florida .
A partir de 2500 m, c’est le domaine du Genévrier Thurifère, essence caractéristique du Grand Atlas. Cet étage n’a pas échappé
lui aussi à l’endémisme; on note la présence d’un beau chardon à épines dorées.
A partir de 3000 m d’altitude la végétation est dominée par des coussinets épineux tels que les Bupleurum spinosum, Alyssum spinosum à fleurs Violettes.
Près des hauts sommets, la végétation rare est dissimulée entre les roches.
La flore ripicole est formée essentiellement du peuplier, de frêne ou de laurier rose.
